1909–1945 Port Drzewny w Toruniu uruchomiono 5 października 1909 roku w miejscu, w którym już w XVII w. wytworzyła się naturalna odnoga Wisły. Pełnił on funkcje magazynowe dla spławianego Wisłą drewna i mógł jednorazowo pomieścić ok. 230 tratw. Przy porcie tym działały również warsztaty remontowe małych rzecznych jednostek pływających oraz tartak. Roczne dochody portu w latach 1912–1913 wynosiły ok. 70 000 marek. Po przejęciu portu przez władze polskie w 1920 r. państwo wraz z władzami miasta utworzyło spółkę o nazwie „Port Drzewny przy Starym Toruniu”, która miała za zadanie budowę rzecznych statków, jednak problemy finansowe zahamowały rozwój portu. Znaczenie tego portu zmieniło się radykalnie na mocy orzeczenia Wojewody Pomorskiego z roku 1934, kiedy to portowy basen stał się tarliskiem ochronnym sandacza.
Po 1945 Żegluga w Porcie Drzewnym ostatecznie została zakończona w 1962 roku, kiedy przeniesiono jego bazę magazynową do Portu Zimowego. W 1988 roku rozważano wybudowanie tu toru regatowego (6 torów o długości 2 km), jednak tych planów nie zrealizowano. Obecnie Port Drzewny pełni funkcje rekreacyjne, a korzystają z niego wioślarze, kajakarze i żeglarze. Przy porcie powstał hotel i ośrodek rekreacyjno-wypoczynkowy oraz Klub Żeglarski “Wiking”.
W 2018 roku teren przy porcie od strony wschodniej został zagospodarowany – powstały tam m.in.: plac zabaw, siłownia zewnętrzna oraz boisko do piłki plażowej[4].
Obręb ochronny Port Drzewny
Obręb obejmuje całą powierzchnię wody wraz z tak zwaną „szyjką” i starorzeczem położonym na północ od portu w granicach jego własności.
Obręb ustanawia się na okres od 1 kwietnia do 30 maja.
Obręb stanowi część obwodu rybackiego rzeki Wisła Nr 2.
Port Drzewny: Cała powierzchnia wody wraz z tzw. szyjką i starorzeczem położonym na północ od portu – ustanowiony został obręb ochronny. Od 01.01. do 31.03.- zakaz spinningowania i połowu na żywca. Od 01.04. do 31.05. zakaz połowu ryb. Od 01.11. do 31.12. zakaz wędkowania w części wschodniej od tzw. plaży 200 m w głąb Portu Drzewnego,